Moucha houbomilka česneková klade vajíčka ke vzcházejícímu česneku v předjaří. Larva může být až 1 cm dlouhá, škodí vykusováním pletiv uvnitř rostliny. Napadené rostliny se deformují, poškozeny mohou být také obalové suknice cibulí česneku a dochází k vyhřeznutí stroužků. Často také bývají rostliny druhotně napadeny jinými patogeny, což může vést až k jejich úhynu. Na malých plochách je nejúčinnější ochranou přikrytí pozemku bílou netkanou textilií. Na větších plochách s častým výskytem houbomilky je nutná chemická ochrana. Ta se provádí v předjaří v době, kdy teplota stoupně k 10 °C. Použít lze přípravky Reldan 40 EC nebo Karate se Zeon technologií 5 CS. Při použití přípravku Karate je nutné postřik po 14 dnech opakovat. V době, kdy jsou již viditelné příznaky napadení, je už jakákoliv ochrana neúčinná.